Året är 2034 och terrorismens ansikte har förändrats. Två år har gått sedan Motoko Kusanagi lämnade sektion 9, Japans elitenhet mot terrorism. Efter en våg av djärva spökhack leder Section 9-teamets undersökningar dem till en ultra-trollkarl som heter Puppeteer. Samtidigt möter Batou Motoko en gång till. Hon varnar honom att hålla sig borta från Solid State Society. Ingen är över misstanke i den här långfilmslängden på Ghost in the Shell-sagan från den hyllade Production IG Studio (Kill Bill, Ghost In The Shell 1 & 2, Blood The Last Vampire)